물질이 그 화학적 성질을 잃지 않는 최소의 구성단위를 말 하며, 몇개의 원자가 화학결합한 것을 말한다.
희유기체 등과 같이 단 하나의 원자로 이루어지는 단원자분자도 있다.
1811년 이탈리아의 A.아보가드로가 분자설을 제창하였고, 이후 후배인 S. 카닛차로 등이 지지를 하였으며, 이후 러시아의 D.I.멘델레예프가 원소의 주기율표를 제시하게 되었다.
이후 프랑스의 L.파스퇴르는 타르타르산염의 광학이성질체를 나누고, 네덜란드의 J.H. 반트호프와 프랑스의 J.A.르 벨은 유기화합물의 광학이성질체의 구조와 광회전능의 관계를 조사하였다.
물·이산화탄소·산소 또는 유기화합물 등 비금속원소 사이의 화합물에서는 액체나 고체상태라도 기체상태의 분자와 같은 것이 존재한다.
그러나 금속이나 염류의 결정있어서는 분자의 개념은 적용치 않는다.
고분자의 화합물은 수십 수백만개의 원자로 이루어진 것이라도 1개의 분자이다.


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